Konusu

Bir barmen olan Desmond Miles, Abstergo Şirketi tarafından kaçırılır. Orada Animus adlı, kullanıcısının atalarının genetik hafızasını tekrar canlandırabilen bir makineye zorla bağlanır. Desmond'un üzerinde, Üçüncü Haçlı Seferi döneminde yaşamış bir suikastçi olan atası Altaïr ibn La-Ahad hakkında bilgi almak üzere çalışmaya başlarlar. Animus'un içinde, Altaïr'in anıları ortaya çıkartır ki, kendisi bir tapınaktan önemli bir artifekti almak isteyen Robert de Sable'i durdurmak istemektedir ancak bu sırada Suikastçı Kardeşliği'nin üç yeminini de bozar. Kardeşliğin lideri, Al-Mualim, Altaïr'in rütbesini düşürür ve eski saygınlığını kazanması için dokuz kişiye suikast düzenlemesini ister.

Altaïr suikastleri tamamladıkça her birinin , Robert de Sable'ın da kaçırmaya çalıştığı objeye benzer, "Cennetin Parçaları" adlı objeyi arayan birer Tapınak Şövalyesi olduğunu öğrenir. Altaïr nihayetinde Kral Richard'ın önünde Robert ile karşılaşır ve onu öldürür. Ölmeden önce son nefesinde Robert onuncu tapınak şövalyesinin varlığından bahseder: Al Mualim. Kardeşliğe geri dönen Altaïr, Al-Mualim'in, insanların bilinçlerini kontrol etmeye yarayan Cennetin Parçasını kontrol ettiğini görür. Altaïr masumlarla savaşıp yolunu açarak Al Mualim'e ulaşır ve onla kapışır. Nihayetinde Altaïr, Al-Mualim'in Parçayı kullanarak yarattığı ilizyonlardan kurtulup onu öldürür. Objeye yaklaşınca teknolojik aygıt aktive olur ve Dünya'nın üzerinde bir çok noktayı gösteren bir projeksiyon çalışır.

O sırada, Desmond artık amacını gerçekleştirdiği için Animus'tan çıkartılır. Farkına varır ki Abstergo günümüzün Tapınak Şövalyeleri organizasyonudur. Abstergo şimdi Altaïr'in haritasında görünen noktalarda yer alan diğer Cennetin Parçaları'nı arayacaktır. Bu sayede 2012'deki tahmini dünyanın sonu durumunun gerçekleşmemesi için tüm insanları kontrol altında tutabileceklerdir. Desmond'un hayatı, Abstergo'nun bir çalışanı sanılan ancak aslında bir suikastçi olan Lucy Stillman tarafından kurtarılır. Kilitli odasında kalan Desmond, atası Altaïr olarak zaman geçirmesi nedeniyle "kanama etkisi" yaşamış ve Altaïr'in de sahip olduğu keskin görüş yeteneği kazanmıştır. Bu yeteneğiyle, kendisinden önceki Denek 16 tarafından kanla duvarına ve yerlere yazılmış olan, dünyanın sonunun geleceğine dair kehanetlerde bulunan çeşitli mesajlar görür.