Oyun 1961 ile 1968 yılları arasında geçmektedir. Oyunun işlenişi iki adamın ana karakter Alex Mason'ı sorgulaması sonucu Mason'ın geçmişini hatırlaması halindedir. İlk anısı domuzlar körfezi skandalında Fidel Castro'ya düzenlenen suikasttir. Ekibi (Woods, Bowman) ile görevi başardıklarını sansa da Mason yakalandıktan sonra sadece Castro'un dublörünü öldürdüğünü anlar. Castro da onu Dragaovich'e "yeni ilişkilerinin şerefine" hediye eder. Dragovich Mason'u beynini yıkamak üzere Vorkuta'da bir gulaga götürür.Vorkuta'da beyni yıkanan Ana karakterimiz Mason'un, Gulag dan kaçmasına yardım eden Victor Reznov adında ikinci dünya savaşında da savaşmış birisi yardım eder, fakat Mason'u sorgulayanlar aksini söylemektedirler, Reznov orda değildi. Mason'ı sorgulayanların her sorusunda hafızasının derinliklerindeki anılarını hatırlar, Vietnam Savaşı da bunlardan biridir. Hatta Reznov Mason'ın Hayatın bir kaç kez kurtarmış olsa da, sorgulayıcılar tekrar aynı şeyi söyler: Reznov diye birisi yok! Aslında her şey oyunun sonunda açığa çıkar. Reznov'un bir hayali vardı, Steiner'i, Dragovich'i ve Kravchenko'yu öldürmek... Reznov bu hayallerini fırsat buldukça Mason'a hatırlatırdı. Mason da aynı öfkeyi onlara karşı duymaya başlamıştı . Ama Reznov diye birisi yoktu. Ne Vietnam'da, Ne de soğuk savaşta. Gulagdaki isyanda hayatını kaybetmişti. Beyni yıkanan Mason, kişilik değiştirip, halisülasyonlar görmeye başlamıştı. Düşen Helikopterden ya da Spetsnazlarla dolu düşman hatlarından Reznov ile değil tek başına kurtulmuştu. Reznov onun beynine kazınan, Mason'ın ikinci baskın kişiliğiydi. Oyunun sonunda yayın merkezi olan Rusalka'ya baskın yapılır ve Mason, Dragovich'i öldürür.Ana karakterimiz Mason, gerçekte yaşamış biridir.Mason'un 1978 yılında "Operation Charybdis" adında bir baskında hayatını kaybetmiştir.Ama arkadaşlaı Jason Hudson ile Grigori Weaver o operasyondan sağ kurtulmuşlardır.Aslında oyunda Frank Woods öldü diye biliniyor.Ama "Revelations" bölümünde bir bilgisayarda yazan bir mesajda Xray adında bir muhbirden sözedilmektedir ve "Xray" Woods'un lakabıdır.