Modern Warfare 2, Call of Duty 4'ün bitiminden 5 yıl sonrası yani 2016 yılı temel alınmıştır.5 yıl sonra Çavuş "Soap" MacTavish, Özel Hava Kuvvetleri(SAS)'nde yüzbaşılığa terfi etmiştir. MacTavish 141. Görev Gücü (Task Force 141) adı altında seçkin, birçok ulustan kişilerin yer aldığı bir komando birliğine, yeniden güç kazanan Rus Ultranationalist örgütüne karşı saldırıya geçmek için başkanlık eder.Call of Duty 4'ün bazı yerlerindede Task Force 'den sözedilmektedir. Rus Ultranationalist Partisi'ne artık, Imran Zakhaev'in, aynı onun gibi milliyetçilik tutkularına sahip eski yardımcısı Vladimir Makarov tarafından başkanlık edilmektedir. Makarov, Zakhaev'in ölümünü sebep göstererek destek toplamaktadır, bu yıllarda yeni bir Rusya kurulmuştur. Makarov'a karşı olarak da, onu durdurmak için Task Force 141 adında bir birlik oluşturulmuştur. Oyuncu, hem bu birliğin bir üyesi olan Sgt. Gary "Roach" Sanderson, hem de Amerika Birleşik Devletleri'nin ordusunda bir er olan James Ramirez'in kimliğini üstlenecektir.Er James Ramirez ve ekibi Rusya'ya karşı Amerika Birleşik Devletleri'ni, savunmaktadır.

İlk başta Birinci sınıf er Joseph Allen adlı Amerikan askerini oynuyoruz. Sonra Gary " Roach " Sanderson olarak, yanımızda " Soap " Mactavish ile Ultranasyonalistlere karşı savaşıyoruz.

Görevlerin geçtiği alanlar; Amerika Birleşik Devletleri'nin Virjinya, Washington eyaletinde, Rusya'nın başkenti Moskova, Kazakistan'ın Tanrı Dağları, Afganistan ve Brezilya'nın Rio de Janeiro eyaleti olarak belirtilmiştir.