Oyun Nod-GDI savaşlarının birincisini konu alır. Oynun başında Nod, GDI'dan üç tane bilimadamının kaçırır. Bu üç bilimadamını kurtarmak için Yüzbaşı Nick Parker, nam-ı diğer Havoc, görevlendirilir. Havoc, bu üç bilimadamını kurtarmak için için dünyayı dolaşır durur. En son durağı ise Sarayova'daki Temple Of Nod olacaktır. Burada Temple Of Nod'u yıkıp, Nodların lider Kane'i öldürüp, üç bilimadamını kurtaracaktır.
Kaçırılan bu üç bilimadamı, Nodlar için gizli bir araştırma yapacaktır oyun boyunca. Bu gizli araştırmada, Nodlar Tiberium maddesinin yardımıyla biyokimyasal askerler üretmeye çalışacaklardır. Nitekim, oyunda yer yer bu askerler çıkacaktır karşınıza çıkacaktır.