Film, bir grup dazlak çocuğa gizli bir yetiştirme merkezinde barkod şekilli dövmeler yapılmasıyla başlar. Burada küçük yaştaki çocuklara profesyonel suikastçi eğitimi verilmektedir. Bu eğitimi alan çocuklardan biri olan ve suikastçilikle geçinen Ajan 47, Interpol ajanı Mike Whittier'ın yaptığı çalışma sonucu keşfedilir. Mike, onun profesyonel bir suikastçi ve dolayısıyla suçlu olduğunu bilmektedir ve onu her ne şekilde olursa olsun yakalamak istemektedir. Nijer'deki görevini tamamlayan Ajan 47, çalıştığı gizli şirketin özel dizüstü bilgisayar iletişim sisteminden yeni bir iş alır: Rusya devlet başkanı Mihail Belikof'u öldürmek. Ajan 47, en uygun zamanı seçerek Belikof'u vurur ve her zamanki gibi iz bırakmadan kayıplara karışır.

Ancak, aldığı habere göre suikasti gören bir tanık vardır ve onun da temizlenmesi istenmiştir. Adı Nika Boronina olan bu kadınla karşılaştığıda, kadın tarafından kendisine hiçbir tepki verilmez. Bu nedenle oldukça şüphelenen Ajan 47, kaldığı otel odasına gittiğinde kendine işveren şirketin sekreteri tarafından gizlice aranır. Sekreter ona, Rus Gizli Servisi"nin oteline varmak üzere olduğunu ve ona tuzak kurulduğunu söyler. Televizyonda Mihail Belikof'un alnındaki yara bandıyla TV karşısında halka hitaben konuşmasını gören Ajan 47, onun yaşamasının imkânsız olduğunu düşünür, çünkü hayatı suikastçılık eğitimiyle geçmiştir ve işini her zaman mükemmel yapmaktadır. Ayrıca, Ajan 47'ye işveren de Mihail Belikof'un ta kendisi olduğunu öğrenir. Rus Gizli Servisi lideri Yuri Marklov'la Mike Whittier, onu yakalamak için otel odasına girdiklerinde, onun kaçmış olduğunu görürler. Bu sırada metroyla şehirden uzaklaşmak isteyen Ajan 47, Rus Gizli Serisi ve Mike'la bir çatışmya girer. Nika'nın isteği üzerine fırsatı varken Mike'ı öldürmeyen Ajan 47, Nika'ya onu öldürmek için gelen bir adamdan önce ulaşarak kaçırır. Her şekilde de öleceğini anlayan Nika, Belikof'un metreslerinden biri olduğunu söyleyerek bazı bilgiler verir. Bu bilgilerin içerisinde Belikof'un bir dublörü olduğu da vardır. Belikof'tan intikamını almak ve işini tamamlamak isteyen Ajan 47, Belikof'un uyuşturucu ve silah kaçakçılığı yapan Udre adında bir kardeşi olduğunu öğrenir ve intikamın ilk basamağı olarak onu öldürmek için Türkiye'ye gider. Udre Belikof, canını bağışlaması karşılığında ağabeyini öldürmeye yardım edeceği sözünü vermesine rağmen, Ajan 47 tarafından öldürülür. Bu sırada artık meseleye karışılmaması istenen Mike, Yuri Marklov'la Mihail Belikof'un gizli telefon görüşmesini dinler ve her şeyin planlanmış olduğunu ancak, Ajan 47'nin yakalanması gerektiğini duyar.

Udre'nin cenaze töreninin yapıldığı kilisede Belikof'a ateş eden Ajan 47, Belikof'un önünde bulunan kurşun geçirmez camı 3 atışta paramparça eder. Böylece kilisede bir kargaşa çıkar ve içerisi boşaltılır. Bu sırada Belikof'u takip eden Ajan 47, onu yakalar ve kilisenin yukarı katındaki bir odaya götürür. Belikof'u bir koltuğa oturtan Ajan 47, onun bu işi halkın desteğini daha çok kazanmak için yaptığını öğrenir. Ajan 47'ye işini iyi yaptığını söyleen Belikof, kendisini bırakması karşılığında onunla pazarlık yapar. Bunu kabul etmeyen Ajan 47, onu öldürür. Hemen sonra onların yerini bulan Mike, Ajan 47'yi silahsız olarak teslim alır ve otomobiline bindirerek teslim alır. Yolda giderken birkaç araba tarafından yolu kesilen Mike, Ajan 47 gibi giyinmiş birkaç adamla bir muhabbete girdiği sırada Ajan 47'nin kaçmış olduğunu görür ve bunu fark eder etmez birkaç araba hemen oradan kaybolur. Filmin sonunda Nika, işyerinden çıkarken kendisine gelen isimsiz mektubu okur ve mektubun Ajan 47'den geldiğini anlar. Bu sırada onu bir evin çatısında izleyen Ajan 47, Nika'yı öldürmek isteyen kendisi gibi dazlak bir ajanı öldürmüştür. Onu izlerken şöyle der: "Size ondan uzak durmanızı söylemiştim,beni dinlemeliydiniz ...".