Günümüzden 500 yıl sonrası. Hızla yayılan bir virüs dünya üzerindeki birçok insanın ölümüne neden olur. Bunun üzerine insanlar yalıtılmış koloniler kurarak, virüsten korunmaya çalışır.Ailesinin hükümet ajanları tarafından öldürülmesi üzerine Aeon Flux intikam almaya yemin eder. Mükemmel topluma karşı mücadele verilen savaşın ön cephelerinde yer almış iyi eğitimli bir kadın asker olan Aeon, mükemmel hayat denilen kavramın arka planında mükemmel bir yalanın gizlenmekte olduğundan kuşku duyan az sayıda insandan birisidir.