1998'te Umbrella Şirketi'nin Raccoon Şehri üzerindeki gizli aktiviteleri toplumsal bir sorun haline gelmiştir. Birleşik Devletler hükümetinin yürüttüğü bir soruşturma sonucunda bir çok Umbrella çalışanına dava açılmıştır ve hükümet Umbrella'nın çalışmalarını süresiz olarak kapatır.

Raccoon Şehri olayından kurtulanlardan biri ve eski bir Raccoon Şehri polisi olan Leon S. Kennedy, Racoon'da yaptıkları öğrenilince Amerikan Gizli Servisi'ne atanır. Leon gizemli bir tarikat tarafından kaçırılan ve başkanın kızı olan Ashley Graham'ı kurtarmaya gönderilir. Leon İspanya'da ki köye gönderildiğinde, orada hayatlarını Ashley'i kaçıran tarikata; Los Illuminados'a veren köylü sürüsüyle çarpışır. Görev esnasında Resdent Evil 2'de tanıştığı Ada Wong'la ve hükümet eğitimi yıllarında öldüğünü sandığı eski dostu Jack Krauser'la karşılaşır. Ayrıca tarikatın lideri Osmund Saddler tarafından öldürülmeden önce tarikatın eski bir araştırmacısı olan ve Leon'a görevinde yardım eden Luis Sera ile tanışır. Luis'in notlarına baktıkça, Leon Los Illuminados'un insanların içlerine yerleştirdikleri Las Plagas adlı bir virüs ile insanları kontrol ettiklerini keşfeder. İnsanlar bu virüsleri aldıktan sonra Lord Saddler'ın denetimi altına girerler.Tek amaçları insanlara bu virüsü yaymaktır.Leon ise yalnızca bu virüsün kökünü yok etmek ve bu virüsün yok olması için savaşmayı seçmiştir.Ada başkası için çalışıp virüsün bulunduğu ilacı ele geçirmeye uğraşmıştır. Saddler Leon'un Ashley'i kurtardığını öğrendiğinde kontrol ettiği şeylere Ashley'i ne olursa olsun geri getirmelerini emreder. Bu arada köy şefi Bitorez Mendez'i yendikten sonra, Leon ve Ashley Ramon Salazar adlı birine ait olan kaleyi kendilerine sığınak olarak alırlar. Sürpriz bir saldırı sonucunda Salazar'ın adamları Ashley'i tekrar ele geçirir ve Leon Salazar'ı öldürdükten sonra askeri ve araştırma amaçları için kullanılan yakındaki bir adaya gitmek zorunda kalır. Saddler'ın sayısız saldırılarına karşın Leon Ashley'i kurtarır ve Ada'nın yardımıyla Saddler'ı öldürür. Leon Saddler'ın cesedinden Plaga örneğinin bulunduğu şişeyi alır fakat Ada Leon'u şişeyi ona vermeye zorlar. Daha sonra tesisten bir helikopterle kaçar. Leon ve Ashley ise Ada'nın bıraktığı jet-ski ile adadan kaçar. Leon görüntülü telsiziyle kaledeyken Salazar ile adadayken ise Saddler ile konuşur ancak görüntülü telsiz Hunnigan'dan için vardır. Ancak Leon kaleye girdiğinde telsiz frekansı ele geçirilir.Leon da Saddler'i öldürdükten sonra Hunniganla son konuşmasını yapıp eve dönerler.

'Leon Scoutt Keneddy ,': Amerikan Gizli Servisi Ajanı
'Ashley Graham': Amerika Başkanı Kızı
'Lord Saddler': Los Illuminados lordu
'Ada Wong': Wesker adına çalışan ajan
'Ramon Salazar': Kale sahibi
'Luis Sera': Eskiden Los Illuminados adına çalışan Araştırmacı
'Jack Krauser': Wesker'ın ajanı ve Leon S. Kennedy 'nin eski arkadaşı
'Bitorez Mendez': Los Illuminados köy Şefi