Darth Vader Emir 66'yı uygulamak üzere Wookiee'lerin yurduna saldırı düzenler. Saldırı sırasında bir Jedi ile karşılaşır. Onu öldürmek üzereyken küçük bir çocuk Vader'ın kılıcını "Force" gücüyle alır. Çocuğun çok güçlü olduğunu hisseden Vader çocuğu yanına alır ve İmparator'un haberi olmadan eğitir. Vader çocuğa tüm galaksiyi yönetmeyi vaad eder fakat asıl amacı, İmparator'a suikast düzenlemek ve tahta geçmektir. Planı uyguladıktan sonra çocuğu öldürüp ondan kurtulacaktır.

Yıllar sonra çocuğa Starkiller adı verilir. Vader Starkiller'a gücünü test etmek bahanesi ile görevler verir. Bu testler tamamlandığında İmparator'u öldürmek üzere harekete geçecektir. Vader, casuslarının bir jedi bulduğunu söyler. Bu jedi General Rahm Kota'dır ve "Tie Fighter Factory"i ele geçirmiştir. Starkiller pilotu Juno Eclipse yardımı ile oraya gider ve Kota ile savaşır. General çocuğun içinde iyilik sezmiştir fakat daha anlatamadan Starkiller tarafından uzay boşluğuna atılır. Vader onu bir göreve daha yollar. Starkiller'ın yeni hedefi Raxus Prime gezegenindeki Kazdan Paratus'tur. Bu görevi de başarıyla tamamlayarak döner ve hazır olduğunu söyler fakat Vader, yaşlı bir adamla dışlanmış bir yaratığın yeterli olmadığını söyler. Starkiller bunun üzerine son bir görev daha alır. Felucia gezegenindeki usta Shaak Ti'yi öldürecektir. Rahm Kota gibi Shaak Ti de Starkiller'ın yanlış saflarda savaştığını söyler. Starkiller görevini tamamlayıp Vader'a haber verdiğinde Vader ondan yanına gelmesini ister. Starkiller Vader'ın gemisine vardığında Vader'ın gelen gemileri izlediğini görür. Starkiller "İmparatoru buraya mı getirdin? Ne zaman saldırıyoruz?" der. Vader'ın cevabı "Onu ben çağırmadım... Casusları seni buraya kadar izlemiş." diyerek kılıcı Starkiller'a saplar. Aynı anda İmparator içeri girer ve Vader'a onu öldürmesini söyler. Vader çocuğu biraz hırpalayıp uzay boşluğuna atar. İmparator gittiğinde ise bir gemi gönderip onu kurtarır ve yeniden hayata getirir.

Starkiller kendine geldiğinde çok kızgındır fakat Vader "Öldüğünü sanması gerekiyordu. Unutma, hâlâ bana hizmet ediyorsun" der. Bunun üzerine çocuk, Vader'ın ne istediğini sorar. Vader'ın bu seferki isteği, İmparator'un düşmanlarını bulup onları birleştirmesidir. Böylece İmparator bu sorunla uğraşırken Vader ve Starkiller sözde yeni ataklarını planlayacaklardır.

Starkiller kendine geldiğinde geminin bir yıldızla çarpışacağını fark eder ve gemiden ayrılmak için Droid'i PROXY'e kendi gemisi olan Rogue Shadow'u hazırlaması için emir verir. PROXY işe koyulurken Starkiller pilotu Juno'yu kurtarır ve böylece aralarında duygusal bir bağ oluşur. Gemilerine binip galaksiden kaçarlar.

Juno ve Starkiller ne yapmaları gerektiğini düşünürler. Starkiller, Vader'ın verdiği görevi yapmalıdır, aynı zamanda da Vader'ın ona öğretemediği şeyleri öğrenmek istiyordur. Aklına General Kota gelir. Juno'ya Nar Shaddaa'ya gitmeleri gerektiğini söyler. Orada Kota'yı bulur. Yaptıkları ilk düello sonrası kör olmuştur. Bu sebeple Starkiller'a yardım etmeyi reddeder. Starkiller "Gözlerine değil, aklına ve İmparatorlukla savaşmak konusunda bildiklerine ihtiyacım var" der. Bunun üzerine Kota'yı yanına alır ve göreve gerçek anlamda başlamış olur.

Kota Senato'daki arkadaşlarıyla görüşmeye çalışırken Starkiller Jedi Tapınağı'na gider. Orada Vader ve bir Jedi'ın dövüştüğü hayalini görür. Hayalindeki adam Vader'ı yenmek üzereyken Starkiller araya girer ve adamla savaşmaya başlar. Yaptıkları düello sonucunda adam Starkiller'a oğlum diye hitap eder. Starkiller şoka uğrar. Ona sarılacakken ortadan kaybolur (Starkiller babasının "Force" biçimindeki hayaletini görmüştür). Bu sayede Starkiller Jedi olmaya biraz daha yaklaşmıştır.

Kota, Starkiller'a Kashyyyk gezegeninden Leia Organa'yı kurtarmasını söyler. Starkiller döndüğünde onun kim olduğunu sorar ve Bail Organa'nın kızı olduğunu öğrenir. Kota olanları anlatır. Senatör Organa'nın kızını kurtarma konusunda yardım istemek için Kota'ya geldiğini fakat görme engeli olduğu için reddettiğini, bunun üzerine Bail'in Usta Shaak Ti'ye gittiğini söyler. Starkiller hemen rotayı Felucia gezegenine ayarlar. Burada Shaak Ti'nin padawanı Maris Brood ile karşılaşır. Usta Shaak Ti öldükten sonra gezegen karanlığa gömülmüş ve bu karanılk ta Maris'i etkilemiştir. Maris, Vader'ın onu bulması için Senatör Organayı tutsak etmiştir. Uzunca bir mücadele sonrası Brood, Starkiller'a onu öldürmemesi için yalvarır. Karanlık tarafla işinin bittiğini söyler. Starkiller onu serbest bırakır. Senatör Organa'yı alıp gemisine döndüğünde Kota ile Organa kısa bir konuşma yaparlar. Senatör Organa bir savaşa hazır olmadıklarını düşünse de Starkiller'a destek çıkacağnı söyler. Başka Senatörlere de haber vereceğini ama çok umutlanmaması gerektiğini söyler. Kota ise İmparatorluğa yapılacak büyük bir saldırının iş göreceğini düşünüyordur. Starkiller Vader'a danışır. Vader Raxus Prime'da Star Destroyer'lar yapıldığını söyler. Fabrikayı çökertirse büyük bir başarı elde edeceğini söyler.

Starkiller, Raxus Prime fabrikasını yok ettiğikten sonra Clouded City'e gider. Senatör Garm Bel Iblis ile görüşecektir. Şehir kanun kaçakları tarafından saldırıya uğramıştır. Liderleri Chop'aa Notimo'dur. Starkiller şehri suçlulardan temizler ve Garm ile görüşür. Garm hemen kabul eder.

Senatörler kendi aralarında birkaç arkadaşlarını daha aralarına alırlar ve Corellia gezegeninde toplanma kararı alırlar. Asi Birliği resmi olarak kurulmak üzereyken Vader'ın ordusu bütün senatörleri kaçırır. Söylediğine göre İmparator onları kendi elleriyle öldürmek istiyordur.

Starkiller yaplıan saldırıdan kaçarak kurtulur. Artık bir Jedi'dır. Juno'yla Asi birliği'ni kurtarmak için Ölüm Yıldızı'na giderler. Juno Starkiller'ı bir daha görememekten korktuğu için onu öper ve görevine uğurlar. Starkiller zor bela İmparator'un taht odasına ulaşır. İlk olarak Vader ile zorlu bir düello yapar. Vader zayıf düşer. İmparator, Vader'ın zayıf olduğunu, onu öldürmesini ve kendisinin öğrencisi olmasını söyler. Kota Starkiller'ı karanlık tarafa kaybetmek istemez ve İmparator'a saldıracakken İmparator "Force Lightning (Şimşek)" gücü ile Kota'yı yere serer. Organa "Ona yardım et!" dedikten sonra oyun bize iki seçenek sunar. İmparatorla savaşarak asıl senaryoyu devam ettirmek ya da Vader'ı öldürüp İmparator'un çırağı olmak.

İmparatorla savaşıp onu alt ettikten sonra Juno gelir ve Asi birliğini kurtarır. O sırada İmparator Şimşek gücünü Asilerin üzerinde kullanır. Starkiller saldırının önünü keser. Uzun bir mücadele sonrası Ölüm Yıldızında büyük bir patlama olur ve Starkiller ölür.