Mikronezya’da bir tekne kiralama şirketi sahibi olan Jack Carver’ı canlandırdığımız oyunda, Cabatu Adaları'nda kaybolan bayan gazeteci Valerie Cortez’i peşine düşüyoruz. İleriki bölümlerde bu gazeteci Jack Carver'a yardım ediyor. Oyun bir mağarada başlayor. Jack Carver mağadan çıkış yolu ararken bir telsiz telefon görüyor, telefondaki adam bize buradan nasıl çıkacağımızı ve ücretli askerlerin içinden nasıl geçebileceğimi anlatıyor. Oyun başlangıçta cennet gibi bir adada başlarken ortalarında mağaralarda, canavarların bulunduğu ormanlarda geçiyor.

Jack Carver, kendi esrarengiz yaşamında sıyrılıp, geçmişini unutmaya karar veriyor bu yüzden Günay Fasifik'teki tekne kiralama şirketinden ayrılıyor. Val Cortez adında bir bayan gazeteciyi Mikronezya'daki bilinmeyen bir adaya götürmesi için tutuluyor. Bayanın jet-ski'si adaya indiğinde, Jack'ın teknesi bir roketle havaya uçuruluyor. Jack zor bir durumda kaçmaya çalışıyor fakat evinden binlerce kilometre uzaklıktadır. Üstelik de tek arkadaşı ormanın derinliklerinde kaybolmuştur, şimdi ise uygarlığa geri gitmenin yolunu aramalıdır. Askerlerin kumandanı, Col. Richard Crowe, Jackal'ın ortaya çıkmamış cesedinin bulunması için gerekli emri veriyor.

Harlan Doyle adında gizemli bir adamın komutuyla adalar bölgesinde baştanbaşa dolanıyor, Jack, Val'ı araştırırken paralı askerlerle çarpışıyor, Japon uçak taşıyıcı gemisi buluyor, ücretli askerlerin haberleşme uydularına darbe indiriyor ve ücretli asker cephane deposunu yok ediyor.

Trigen'lere (Kalıtsal bilgileri değiştirilmiş başparmaklılar) rastlaması ve Doyle'den alınan bilgiler doğrultusunda, Jack çok geçmeden bir buranın kalıtsal değişikliklerle ilgili deney adası olduğunu keşfediyor. Oyunun devam ettikçe Trigenler, ücretli askerlerin adayı idare etmesini büyük bir şekilde zorlaştırıyor, güvenlik perimetrelerinin parçalanması, nöbetçi ve işçilerin katliamı yüzünden bunun yanında da, trigen sadece insan olmayan primatlarla sınırlı olmamasına rağmen askerler oluşturmak için mutantlar insanlara dönüştürülmüştür.

Jack en sonunda Val'a yetişiyor, Val başka bir bölgede bir helikopter vasıtasıyla tutuluyor. Jack, helikopteri durdurmaya kalkışıp Val'ı kaçırmaya çalışıyor. Sahile yüzdükten sonra, kıza ulaşınca kızın adının aslında Valerie Constantine olduğu ve gizli CIA ajanı olduğunu açıklıyor ve Krieger'in eylemlerini araştırdığı söylüyor. Val daha sonra Jack'la birlikte adayı daha iyi araştırmak amacıyla adayı bölüşmeyi öne sürüyor.

Yeni aramalar sonrasında, Jack Val'ın kaybolduğunu anlıyor ve onu kurtarması gerekiyor. Trigenlerin kaçmasıyla da arama gittikçe zorlaşıyor, bazı Trigenler de güçlü silahlara sahip. Karışıklıklara bir yenisini eklemek için, Trigenler adada ücretli askerlere karşı yeni bir ayaklanma başlatıyor, Krieger adadaki durumu kontrol etmek için seçkin özel kuvvetleri çağırıyor. Jack, Val'a ulaşmak için iki tarafla da savaşmasının ardından, taraflar yine ayrılıyor ve Jack ücretli askerlerin kumandanı olan Richard Crowe'u öldürdükten kısa bir süre sonra onlar, yeniden birleşiyorlar. Alınan bir bilgiye göre Crowe, Krieger'le birlikte adada taktik nükleer silahlarları varmış. Val ek olarak da Doyle CIA tarafından laboratuvar teknisyeni kılığında Krieger'i araştırmak için gönderildiğini söylüyor.

Savunma Bakanlığı'nın güya durumu incelemesinin ardından, Jack ve Val Krieger'in son çare olarak izini gizlemek için kullandığı taktik nükleer silahları onun projelerini gözden geçirmek için çalıyor. Jack'e nükleer silahı kullanmak çok uğraştırıcı bir iş gibi gelir fakat Val onu ikna eder: "Bu adadaki tek atom bombası, fabrikayı ve üssü havaya uçarurken işimize yarar. Jack, Val ile beraber içeri girer ve bombayı kurmak üzere giderler. Özel güçleri geçtikleri zaman bombayı koyacakları yer çıkar ve bombayı koyarlar. Ordan kaçarlar ama ikiside bayılır. Kriger onları ele geçirir ve Jack'i bilinmiyen bi yere atar. Yanında 10 kurşunlu bir M409 adlı silahı atar. Jack Trigen'leri ve özel güçleri geçerek labautara ulaşır. Burası Doyle'nin olduğu yerdir.(Doyle Jack'e ve Val'a öldürücü bir zehir verir ve Doyle onu kandırır) Jack Doyle'yi ve Kriger'ı arar. Kriger'ı bulur yok eder. Doyle'nin yanına gelir ve Doyle ona şöyle der: "Geleceği değiştiremezsin Jack. Ahmaklığın seni öldürecek!" Jack'de: "Doyle asıl ölecek olan sensin!" der ve onu vurur. Sonra da Val'u alıp kaçar.