Hitman (Ajan 47), kiliseye bağlı bir teşkilatın insan klonlamasını kullanarak yarattığı profesyonel bir suikastçidir. ICAHQ'dan Diana adlı kontrollörden brifing alarak para karşılığı öldürmeniz gereken suçluları öldürüyorsunuz. Hitman kurbanlarının kıyafetlerini giymek, kurbanını taşıyıp kimsenin görmemesini sağlamak gibi birçok özelliğe sahip. Oyundaki görevleri sadece hedefleri öldürüp sessizce kaçıp bölümü bitirebilirsiniz, veya da silahlarınızı kullanarak katliam çıkarabilirsiniz

Siz de suikastçiyi canlandırıyorsunuz. Göreviniz Hong Kong'dan Amerika'ya uzanan suç dünyasında cinayet işlemek, ancak bunu profesyonelce yapmak. Tüm meslektaşları gibi 47'nin de bir geçmişi, adı ya da bağlantısı yok. Dahası adamımıza bazı "genetik" değişimler de uygulanmış.

"International Contract Agency HeadQuarters(Uluslararası Kontrat Şubesi Karargahı)" isimli, dünyada tüm istihbarat birimlerine "iş" yapan gizli bir örgütten notebook aracılığı ile görevlerini alan adamımız oyunun başında tımarhanede uyanıyor ve kendisine gerekli eğitim hoparlörlerden gelen metalik bir ses tarafından veriliyor. Sonra da gerçek görevlere başlıyorsunuz.