Karakterimiz, Jackal adında bir silah tacirini öldürmek için yemin eder ve Afrika'ya gelir. Motele gitmek için havaalanında bir taksi çevirir ve Pala'ya doğru yola çıkarlar. Yolda giderken bir sürü olaya şahit olur, taksici olayları anlatır, karakterimiz için her zamanki gibi suskundur. 15 dakikalık bir yolculuğun ardından Pala'ya varırlar. Pala o bölgenin merkezi ve ateşkes bölgesidir. Ancak karakterimiz Sıtma hastalığına yakalanmıştır, acı gerçek burada ortaya çıkar. Motelin önünde baygınlık geçiren karakterimiz ayıldığında kendini bir motelin odasında uzanmış bir vaziyette bulur, az ilerisinde Jackal vardır. Jackal karakterimizin eşyalarını kurcalarken bir günlük bulur, günlükte karakterimiz geliş amacının Jackal öldürmek olduğu yazar, Jackal bu yazıyı görünce sinirlenir, karakterimiz berbat bir haldedir. Ayağa kalkamayacak kadar hasta ve bitkindir. Jackal karakterimizi korkutmak için kafasının üstüne bıçak saplar. Silah çeker ancak karakterimizi öldüremez, oradan uzaklaşır. Aniden patlama meydana gelir. Karakterimiz yatağından fırlar, bıçağı ve tabancayı alır. Dışarıda azılı iki grup çatışmaktadır, karakterimiz birkaç adam öldürür ve Pala'dan kaçmak üzere yola koyulduğunda sıtma nedeniyle fazla uzaklaşamadan yere düşer ve bayılır.

Ayıldığında kendini bir hücre evinde bulur ve bir teğmen karşısındadır. Oyunu kaydedip ilk yardım çantasından ilaç aldıktan sonra teğmen size bir görev verecek, görev basit: Bir hücre evine gidip çevresindeki korumaları öldürmek ve hücre evini ele geçirmek. Korumalar genelde iki kişi oluyor, sessizce öldürün ve hücre evine girin, uyuyun, cephane alın. Uyandığınızda yine teğmen arayacak. Bir yeri gözetlemenizi ve oradakileri öldürmenizi isteyecek. Görevi yaptıktan sonra eğitim bölümü bitekte ve asıl hikâye bölümü başlıyor.

Merkez Pala'da UFLL ve APR örgütleri arasındaki çatışmalar sona ermiş ve ateşkes ilan edilmiştir. Bu arada oyuncu karakteri bir barda Reuben Oluwagemb adında bir gazeteciyle tanışır. Gazeteci süregelen çatışmalar hakkında bir kitap yazmaktadır. Bu kitapta Jackal'danda söz edilmektedir. Gazeteci oyuncuya bir Jackal'la yapmış olduğu bir görüşmeye ait ses kaydını verir. Gazeteci oyuncunun sıtma hastası olduğunu anladığı an merkez Pala'daki kilisede görev yapan ve sivilleri bu baskıdan kurtarmaya çalışan rahibe yardım ederek ondan sıtma ilacı alabileceğini söyler. Oyuncu Jackal'ın izini sürerken bazı yan görevler de yapabilir. Oyuncu mültecilerin sıtmaya iyi gelen ilaçlar için ülke dışına göç etmesine rahipten aldığı damgalı seyehat belgelerini onlara ulaştırabilir, daha fazla silah ve mühimmat çeşidi için rakip firmaların nakliyat konvoylarına pusu kurabilir, bazı bölgelerde bulunan baz istasyonları üzerindeki telefonlara cevap vererek edinilen bilgilere göre hedeflere süikast düzenleyebilir.

Oyuncu UFLL ve APR örgütlerine ayrı ayrı çalışması için zorlanmaktadır. Herbir taraf da bu büyük çaptaki savaşı feshetmek amacıyla oyuncuyu inkar edilebilir bir casus olarak kullanmaktadır. Nice başarılı görevlerin ardından bir örgütün lideri diğer örgütün başında bulunan kişiye suikast girişiminde bulunması için oyuncuyla anlaşmaktadır. Suikast başarılı olur oysa oyuncu anlaşma yaptığı kişinin askerleri tarafından çoğu defa pusuya düşürülür ve ihanet edilir. Oyuncu paçayı kurtarır ancak bu kargaşanın içinde ya rahibi ve sivilleri korumaya ya da yoldaş askerlere yardım etmeye zorlanmaktadır. Oyuncu karakteri nihayetinde çarpışmalarda mahvolur, ceserlerle dolu bir kamyonun kasasında uyanır. Kamyondan yolun üzerine düşer ve çölde kum fırtınasında sığınacak bir yer aramaya koyulur ancak sıtmanın etkisiyle fazla geçmeden bayılır. Kum fırtınasının sona ermesiyle Jackal çıkagelir ve baygın haldeki oyuncuyu emniyetli bir yere götürür. Ancak lidersiz kalan diğer örgütün çekilmekte olan askerleri gelince Jackal kaçmak zorunda kalır. Bu örgütün bir teğmeni oyuncuyu bu durumdan kurtarması için oyuncuya ihanet eden örgüt liderine süikast düzenlemesini ister. Oyuncu bir alay mitinginde bulunan hedefe süikast düzenler ve güneydeki Bowa-Seko iline kaçar.

Bowa-Seko'da oyuncu ve dostu bölgenin dengelerini değiştirmek amacıyla teğmenin emirlerini yerine getir ve Selao Limanı'nda çarpışmaları yeniden alevlemek amacıyla yanlış bayrak eylemini gerçekleştirir. Bunu takiben, iki örgüt yeni ilde savaş durumdalar, bunun yüzünden her iki taraftan da çeşitli görev talepleri geliyor. Nihayetinde, oyuncu iki örgütün lideri olan Oliver Tambossa veya Addi Mbantuwe tarafından örgütler arasında barış anlaşması yapılması için karşı örgüte elmas dolu evrak çantasını götürmekle görevlendiriliyor. Oyuncu mekâna vardığında, alanı mahvedilmiş ve örgüt liderinin ölmüş olarak buluyor. Jackal çıkagelir ve çarpışmaların devam etmesini istediğini ve savaş lordlarının barışı sadece insanların dikkatini çekmeden suç işlemek amacıyla istediğini izah eder. Ardından da Jackal elmasları ele geçirip oyuncu karakterini bayıltır.

Oyuncu ayıldığında eski bir köle hapishanesinde mahkûm durumundadır ve şamar oğlanı gibi kullanıldığını, suikastlardan sorumlu tutulduğunu ve barış anlaşmasına engel olduğunun farkına varır. Hapishaneden kaçar ve Jackal'ı aramaya devam eder. Bu süreçte bir dizi görevler gerçekleştirir. Görevler ise söylenen sıraya göre UFLL ve APR örgütlerinin yeni savaş lordları olan Bay Greaves ve Hector Voorhes'e süikast düzenlemekten ibarettir. Buna rağmen oyuncu Greaves ve Voorhes ile görüşerek öldüreceği sözleşmeciyi kendi seçebilir. Bunun ardından gazeteci Reuben havaalanında ya öldürülecekleri ya da sınırdışı edilecekleri korkusuyla yardım için oyuncuya telefon açar. Oyuncu halk ordusuyla savaşarak gazetecileri kurtarır.

Reuben'in de yardımıyla oyuncu sonunda Jackal'ın izini bulur ve onunla buluşur. Jackal sivilleri iç savaşın hüküm sürdüğü ülkeden kurtarmak istediğini söylerek niyetini belli eder. Nihayetinde Jackal'ı öldürmek zorunda olmasına rağmen ona yardım etmeye razı olur. Jackal'ın oyuncu için yaptığı plan kalan iki örgüt liderine süikast düzenlemek ve bir çanta dolusu elması sınır bekçilerine rüşvet olarak vermek. Oyuncu elmasları bulduğunda ne var ki yoldaş askerler ve arkadaşlar ülkeden kaçmak için elmasları kendilerine istiyorlar bu yüzden onlarla savaşmak zorunda kalıyoruz.

Her iki örgüt liderinin ölümü ve elmasların elinde olmasıyla, oyuncu Karanlığın Kalbi adında sınıra yakın bir yerde kulübede Jackal ile buluşur. Jackal sivilleri tahliyeye zorlayan halk ordusunu durdurmak amacıyla vadiden sınıra giden yolu dinamitlemek istemektedir. Oysa patlayıcıların ateşleme fitili arızalıdır ve patlayıcılar aküyle kısa mesafeli tutulmalıdır yoksa fitil kendi kendini imha eder. Jackal oyuncuya bir seçim hakkı tanır; Jackal patlayıcıları ateşleyebilir, veya oyuncunun ülkeden ayrılması şartıyla kendisini vurabilir, başka bir yol ise sivillerin kaçışını emniyet altına almaktır. Oyun Reuben Oluwagembi'nin patmaya şahit olması ve sıklaşan mülteci kalabalığının sınırı geçerkenki bir resmini çekmesiyle sona erer. Sınır bekçilerinin biri de elinde elmas çantasını tutarkenki görüntüsü de göze çarpıyor.

APR ve UFLL liderleri düşmanlığı sona erdirmeye ve ülkede yeni bir hükümetin kurulmasına kalkıştı ancak ülkedeki şiddet bitmedi. Reuben'in hikâyesi uluslararası basımlarca görmezden gelindi. O da buna inat hikâyeyi kişisel blogunda yayınladı. Ülke nüfusu büyük ölçüde azaldı ve Sivil toplum kuruluşları düşük kayıp oranını ülke istihbaratına göre daha çok bel bağladı. Jackal'ın ortadan kayboluşuna dünya hükümetleri çarpışmalarda ölmüştür demesine rağmen cesedi hiçbir yerde bulunamadı. Ek olarak da oyuncunun sonu kesin olarak bilinmemektedir. Söz gelimi oyuncu elmas çantasını almayı tercih etsin. Her ne kadar Reuben'in resminde ekranda görülen göç sırasında bir silah sesi duyulsa da oyuncunun Jackal'la olan anlaşmasına değer verip vermediği bilinmemektedir.