Oyun, Dr. Gina Cross ve Dr. Green Colette isimli araştırma takımı üyelerinin maceralarını konu almaktadır. Dr. Gordon Freeman ile aynı yerde çalışan ikili, burada yer alan donanınımın çalışmasından sorumludur.

Gerçekleştirilen deneyin sonucunda işlerin ters gitmesi ile birlikte ikili, kendilerini Dr. Rosenberg ve Dr. Richard Keller'a işlerin düzeltilmesi konusunda yardım ederken bulmaktadır.